He aquí los 30 máximos goleadores de la liga EUSKALHERRIA 1999:

 1. Kirilov, Kiril (Castellae) 35 Goles
 2. Bilbao, Iñaki (D.Naútica P.) 29 Goles
 2. Georgiev, Iani (Castellae) 29 Goles
 2. Vegas, Josue (C.D.Bilbao) 29 Goles
 5. Pastor, O. (Castellae) 27 Goles
 6. Ezkerra, Jon (D.Naútica P.) 24 Goles
 6. Sanzberro, I. (Menditxo) 24 Goles
 8. Bascones, Nacho (UPV Askartza) 22 Goles
 8. Yañez, Carlos (C.D.Bilbao) 22 Goles
10. Larrauri, Mikel (D.Naútica P.) 20 Goles
10. Martinez, L.M. (D.Naútica P.) 20 Goles
12. Esparza, M. (Larraina) 19 Goles
13. Garcia, Andoni (Santurtzi) 18 Goles
13. Pereda, Alex (C.N.Fadura)  18 Goles
13. Sierra, Mikel (Santurtzi)  18 Goles
16. Bidarte, Gorka (C.N.Fadura)  17 Goles
16. Belloso, Cesar (C.N.Fadura)  17 Goles
16. Garcia, C. (Larraina) 17 Goles
19. Cañoto, J. (Santurtzi)  16 Goles
19. Prieto, Jokin (D.Naútica P.)  16 Goles
19. Trueba, Mikel

(Santurtzi)

 16 Goles

19. V. Horenbeke, P.

(C.N.Fadura)

  16 Goles

23. Fernandez, J.

(UPV Askartza)

 15 Goles

24. Alfonso, R.

(Larraina)

 14 Goles

24. Gomez, D.

(Castellae)

 14 Goles

24. Mtez. Osaba, G.

(UPV Askartza) 

 14 Goles

24. San Millán, A.

(Santurtzi)

 14 Goles

28. Lopez, David

(C.N.Fadura)

 13 Goles

29. Muñoz, Ricardo

(C.D.Bilbao)

 12 Goles

29. Alzola, I.

 (C.D.Bilbao)

 12 Goles